Die Stanser Musiktage sind ein gemeinnütziger Verein, gegründet im Herbst 1999. Schon sechs Jahre zuvor, im 1994, wurde die Veranstaltung erstmals ausgetragen, damals noch beschränkt auf vier Konzerte und ohne Rahmenprogramm mit einem Gesamtbudget von ca. Fr. 30'000 im ersten Jahr. Mit der Weiterentwicklung und der Angliederung des Rahmenprogramms wurde das Risiko für die damalige Leitung von Christoph Risi und Christophe Rosset zu gross und die Gesamtorganisation wurde in eine Vereinsstruktur überführt. Seit der zweiten Austragung 1996 finden die SMT jährlich, jeweils im April statt.

Seither werden alle Führungspersonen von Projekten, Ressorts und Locations automatisch Vereinsmitglieder. Der Verein wird von einer strategischen Leitung, dem Vorstand und seit dem Geschäftsjahr 2007 unter dem Präsidium von Knut Hackbarth geführt. Das oberste Organ ist wie in den meisten Vereinen die jährlich im November statt findende Mitglieder- bzw. Generalversammlung.

Alle Mitglieder werden wie alle HelferInnen mit einer Helferentschädigung und bescheidenen Goodwillbeiträgen entschädigt. Einzig Die Co-Geschäftsleiter, Katrin Zurfluh und Christophe Rosset, sowie die Rahmenprogrammleiter Lukas Tschümperlin und Marquito Müller sind mit ganzjährigen Mandaten ausgestattet und werden im Rahmen des jeweiligen Budgets bezahlt. Die ausgerichteten Beiträge entsprechen in etwa 180 Stellenprozenten.

Die Festivalleitung, die Hauptprogrammleitung und das Sponsoring obliegt Christophe Rosset. Katrin Zurfluh obliegt die Administrative Leitung und die Geschäftsstelle. Das Rahmenprogramm wird von Lukas Tschümperlin und Marquito Müller vorbereitet, umgesetzt und nachbearbeitet. Alle arbeiten in einem Teilpensum in der Bürogemeinschaft «Kulturschmitte» in der Schmiedgasse 8.