Les Journées musicales de Stans sont une association à but non lucratif fondée à l'automne 1999. Six ans auparavant déjà, en 1994, une première manifestation avait été organisée. Limitée alors à quatre concerts, elle ne s'accompagnait d'aucun programme général. La première année, le budget total s'élevait à 30 000 CHF environ. Avec le développement du festival et l'intégration du programme général, la charge devenait trop lourde à porter pour les responsables de l'époque, Christoph Risi et Christophe Rosset. Une structure associative a alors été adoptée. Depuis la deuxième édition, en 1996, les Journées musicales de Stans sont organisées chaque année, toujours en avril.

Depuis lors, tous les responsables des projets, des services et des sites deviennent automatiquement membres de l'association. L'association est dirigée par des responsables stratégiques et un comité de direction. Depuis l'exercice 2007, Knut Hackbarth en est le président. Comme dans la plupart des associations, l'organe principal est l'assemblée des membres (ou Assemblée générale), qui a lieu chaque année en novembre.

Tous les membres, ainsi que l'ensemble des bénévoles, reçoivent une indemnisation spéciale et une modeste rétribution pour services rendus. Seuls les co-directeurs, Fabian Christen et Christophe Rosset, détenteurs d'un mandat annuel, sont rémunérés et intégrés au budget. Les rétributions versées représentent environ 1,4% du budget.

La gestion du programme principal, le sponsoring et le bureau des affaires courantes sont sous la responsabilité de Christophe Rosset. Le programme général est préparé, peaufiné et mis en œuvre par Fabian Christen. Tous deux travaillent dans les bureaux de l'agence «Kulturschmitte», au numéro 8 de la Schmiedgasse.